依据《建设项目竣工环境保护验收暂行办法》第六条及第十四条规定，需要对建设项目配套建设的环境保护设施进行调试的，建设单位应当确保调试期间污染物排放符合国家和地方有关污染物排放标准和排污许可等相关管理规定。环境保护设施未与主体工程同时建成的，或者应当取得排污许可证但未取得的，建设单位不得对该建设项目环境保护设施进行调试。
纳入排污许可管理的建设项目，排污单位应当在项目产生实际污染物排放之前，按照国家排污许可有关管理规定要求，申请排污许可证，不得无证排污或不按证排污。建设项目验收报告中与污染物排放相关的主要内容应当纳入该项目验收完成当年排污许可证执行年报。因此，必须申领排污许可证后方可进行调试、竣工环保验收监测及自主验收程序。
企业新建项目在试运行阶段，可能会产生实际的排污行为。根据相关法律要求，企业必须持证排污，不得无证排污。因此，企业在投入运行并产生实际的排污行为之前，应当取得排污许可证。这跟企业是否通过环保验收没有必然的关系。排污许可证是对企业实际排污行为的许可，根据《建设项目环境保护管理条例》，试生产行为在竣工验收之前，需要试生产的企业，不能等到验收之后才申请许可证。不仅如此，哪怕企业连“试生产”都还没有正式开始，只是在调试阶段，但只要有实际的与生产相关的污染物产生了——即便污染物的类型、排放量跟正常运行之后不一样，企业都必须在此之前获得排污许可证。此外，企业在申请排污许可证的时候，竣工验收报告并不是前置条件，但是需要提交环评报告的批复文件。
因此，环评是首位的，而申请排污许可证需要在发生实际排污行为之前；而一旦装置运行（试生产、试运行）就会排污，所以排污许可申请需要在环保验收之前完成，且必须已经取得环评批复（或完成登记表备案）。应急预案是投入使用前完成，那么自然是在试运行之前。
综上，可以总结出以下这个流程：环评编制——取得环评批复（或完成登记表备案）——申请排污许可证——编制环境风险应急预案——试运行——开展竣工环保验收——完成自主验收——正式投产。
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